तसेच, असे असले तरी ठाणे सत्र न्यायालयात न्यायदंडाधिकाऱ्यांच्या अहवालासंदर्भात सुरू असलेल्या संपूर्ण कार्यवाहीच्या वैधतेलाच आव्हान देणार असल्याचेही सरकारतर्फे यावेळी न्यायालयाला सांगण्यात आले. त्याचाच भाग म्हणून सत्र न्यायालयात सुरू असलेल्या संपूर्ण कार्यवाहीच्या वेधतेला आव्हान देण्यासाठी सुधारित याचिका करू देण्याची विनंतीही सरकारतर्फे न्यायालयाकडे करण्यात आली . न्यायमूर्ती आर. एन. लढ्ढा यांच्या एकलपीठानेही सरकारची ही विनंती मान्य करून सरकारला सुधारित याचिका करण्याची परवानगी दिली. त्याचवेळी पाच पोलिसांना नोटीस बजावली.
शिंदे याच्या कोठडी मृत्युसाठी जबाबदार ठरवणाऱ्या न्यायदंडाधिकाऱ्यांच्या अहवालातील निष्कर्षांना पाचपैकी चार पोलिसांनी सत्र न्यायालयात आव्हान दिले होते. न्यायालयानेही त्यांच्या अर्जाची दखल घेऊन न्यायदंडाधिकाऱ्यांच्या अहवालातील निष्कर्षांना स्थगिती दिली होती. तथापि, याबाबत कळल्यानंतर उच्च न्यायालयाने सत्र न्यायालयाच्या भूमिकेवर नाराजी व्यक्त केली होती. तसेच, प्रकरण उच्च न्यायालयात प्रलंबित असताना अधिकारक्षेत्राबाहेर जाऊन अहवालातील निष्कर्षांना स्थगिती देण्यावरून सत्र न्यायालयाला फटकारलेही होते. या निर्णयाला आव्हान न देण्याच्या सरकारच्या कृतीवरही न्यायालयाने ताशेरे ओढले होते. या सगळ्या पार्श्वभूमीवर सरकारने ठाणे सत्र न्यायालयाच्या निर्णयाला उच्च न्यायालयात आव्हान दिले होते.