मध्य रेल्वे (म.रे) मार्गावरील हार्बर मार्गिकेची स्थानकांच्या देखभाल आणि दुरुस्तीवरून सिडको आणि रेल्वे प्रशासनामध्ये मतभेद होते. आता ही स्थानके म.रे.कडे जाण्याची शक्यता आहे. नवी मुंबईत मोठ्या प्रमाणात राष्ट्रीय आणि आंतरराष्ट्रीय कंपन्यांची कार्यालये आहेत.
ठाणे ते कर्जत, कसारा आणि मुलुंड, भांडुप, मुंबई उपनगरातून लाखों प्रवासी रोज ठाणे ट्रान्स हार्बर मार्गे नवी मुंबईत जातात. नवी मुंबईतून मुंबई, ठाणेमध्ये प्रवास करणाऱ्यांची संख्या जास्त आहे. ट्रान्सहार्बर आणि हार्बर मार्गावरून दिवसाला १० लाखांहून अधिक प्रवासी प्रवास करतात. या स्थानकांची जबाबदारी घेण्यास सिडकोने रेल्वे प्रशासनाला कळविले.
त्यामुळे या इमारतींची दुरुस्ती करुन नव्याने बांधलेल्या स्वरुपात हस्तांतरित करण्याचे रेल्वे कडून सांगण्यात आले. हार्बर मार्गावरील वाशी, सानपाडा, जुईनगर, नेरूळ, सीवूड, बेलापूर, खारघर, मानसरोवर, खांदेश्वर, पनवेल आणि ट्रान्स हार्बर मार्गावरील घणसोली, ऐरोली, रबाळे या स्थानकांचा सामावेश आहे.