डॉ. ढाकणे यांच्या प्रशासकीय सेवेची सुरुवात सन १९९४ मध्ये नाशिक येथे उप जिल्हाधिकारी म्हणून झाली. डॉ .ढाकणे हे भारतीय प्रशासकीय सेवेतील २०१० च्या तुकडीचे अधिकारी आहेत. आजवरच्या ३१ वर्षांच्या कार्यकाळात त्यांनी केंद्र शासनाच्या वित्त व उद्योग मंत्रालयात अतिरिक्त खासगी सचिव, सोलापूर महानगरपालिका आयुक्त, जळगाव जिल्हाधिकारी, महाराष्ट्र राज्याचे परिवहन आयुक्त, महाराष्ट्र चित्रपट, रंगभूमी आणि सांस्कृतिक विकास महामंडळाचे व्यवस्थापकीय संचालक या पदांची जबाबदार पार पाडली आहे.
तसेच अहिल्यानगर (अहमदनगर) आणि मालेगाव येथे उप विभागीय अधिकारी, महाराष्ट्र राज्याच्या मुख्यमंत्री कार्यालयात खासगी सचिव, ऊर्जा मंत्रालयात खासगी सचिव, ‘महानिर्मिती’चे कार्यकारी संचालक, वित्त मंत्री यांचे खासगी सचिव, महाराष्ट्र राज्य पर्यटन विकास मंडळात सह व्यवस्थापकीय संचालक, मुंबईत अपर जिल्हाधिकारी व नियंत्रक (अतिक्रमण निर्मूलन / निष्कासन), महाराष्ट्र औद्योगिक विकास महामंडळात उप मुख्य कार्यकारी अधिकारी या पदांचीही जबाबदारी त्यांनी सांभाळली आहे. अलीकडे ते महाराष्ट्र प्रदूषण नियंत्रण मंडळाचे सदस्य सचिव म्हणून कार्यरत होते.